С 1764 года Троицкий Лютиков монастырь перестал владеть вотчинами. Вместо них монастырю дано от правительства штатное содержание в количестве 4б0 руб. 44 коп., на которые должна содержаться братия монастыря. Всего по штату положено в монастыре 21 человек вместе с настоятелем. Настоятель сначала был в игуменском сане, но с 1767 г. учреждена в нем архимандрия 3-го класса. Монастырь по новым штатам поставлен в 3-м классе. Лютикову монастырю, как третьеклассному, отведена указная пропорция земли -35 десятин; кроме того в пользование монастыря осталась одна крупчатая мельница и значительные рыбные ловли, которые с 1800 г. несколько уменьшились вследствие обмена их на ловли Калужского Лаврентиева монастыря. Такие средства содержания, оставленные монастырю, после введения штатов, были вначале недостаточны. Но они с течением времени мало-помалу увеличивались.
Во время введения духовных штатов в 1764 г. управлял обителью архимандрит Иоанн. При преемнике его Геннадии (с 1767 по 1781 г.) Лютиков монастырь находился некоторое время в страхе от разбойников, как это видно из донесения архимандрита преосвященному Самуилу, епископу Крутицкому и Можайскому. При приемнике Геннадии, игумене Митрофане (1781--178 г.), исправлена обветшалая церковь многострадального Иова с устроением иконостаса и святого престола заново. При игумене Иннокентии (1785 -1794 г.), который определен сюда из экономов Крутицкого архиерейского дома, задумана была постройка церкви в честь св. мученика Харлампия на средства одного жертвователя Казаринова, но предприятие это не имело успеха, и возведённые было уже постройки, были разобраны, так как они найдены были излишними митрополитом Платоном. При этом же игумене было похищение монастырских денег (100 руб.) и драгоценной архимандричьей шапки (митры), пожертвованной Богданом Матвеевичемъ Хитрово.
При игумене Филарете Баженове (1794-1804 г.), поступившем в монашество из армейских протопресвитеров , любившем духовное просвещение и церковное благолепие, умножена была монастырская библиотека духовно-нравственными сочинениями и украшены приделы препод. Соргия Радонежского и святителя Николаи.
С 1804 г. настоятелями Троицкого Лютикова монастыря до 1829 г. были лица, занимавшие духовно-учебные должности в Калужской семинарии; поэтому сами они лично редко могли бывать в монастыре; за это время непосредственное заведывание монастырем находилось главным - образом в руках казначеев монастыря. Вследствие этого внутреннее благоустройство монастыря и духовная жизнь иноков не могла стоять на надлежащей высоте; своего призвания. Отсутствие не посредственного начальника монастыря отражалось па внутреннем благоустройстве монастыря; некоторому понижению внутреннего благоустройства и истинного подвижничества способствовало еще и то обстоятельство, что со времени открытия самостоятельной Калужской епархии (в 1799 г.), в Лютиков монастырь епархиальным начальством стали посылаться различные члены клира из белого и монашествующего духовенства для исправления; подобные лица, конечно, требовали строгого надзора за собою и не могли служить добрым примером для братии монастыря.
Первым из лиц, соединявших должность настоятеля монастыря с должностью в духовной семинарии, был Феофан (1804-1807 г.), сначала префект, а с 1805 г. ректор Калужской семинарии; в 1807 г. он из игуменов возведен в сан архимандрита; с него начинается ряд архимандритов - настоятелей монастыря до 1853 года.
За ним следует по порядку управления Иона II (1808 -1811 г.), бывшей до пострижения в монашество протоиреем Калужской Казанской церкви и членом консистории; впоследствии он был епископом Тамбовским, Астраханским, экзархом Грузии и членом Святейшего Синода; скончался в сане митрополита на покое в С.-Петербурге в Александро-Невской лавре 22 июня 1849 г. Будучи настоятелем Лютикова монастыря, он не мог лично подолгу бывать в нем, так как одновременно состоял ректором Калужской семинарии, профессором богословских наук в ней, членом консистории и экзаменатором ставленников, а в 1810 г. был вызван на чреду служения в С.-Петер6ург и назначен на другую должность.
В истекшем столетии это был один из самых главных благотворителей и благодетелей монастыря. Будучи на высших степенях иерархического служения, он постоянно помнил о Лютиковом Троицком монастыре, в котором иногда был настоятелем, и снабдил его богатыми вкладами и драгоценными пожертвованиями. Им в разное время внесено вкладу в монастырь на поминовение его самого и его родных 6000 руб. ассигн., вызолочен иконостас Троицкого собора в 1848 г. на сумму в 2000 руб., в том же 1848 г. сделаны две серебропозолоченные ризы на иконы Спасителя и Св. Троицы, весом каждая по 25 фун. с золотниками, пожертвована для монастыря весьма ценная ризница, св. евангелие в лист, обложенное серебротравчатой материей, верхняя доска которого с изображениями Воскресения Христова и евангелистов, в серебре. Кроме того он исходатайствовал для монастыря значительный денежный вклад от известной благотворительницы на монастыри графини Анны Орловой-Чесменской; она также по его просьбе для икон Благовещения Пресвятой Богородицы и Киево-Печерской Божьей Матери устроила две серебропозолоченной ризы: одну в 23 фунта, а другую в 25 фун. с золотниками.